Secondo il primo documento scritto, la fondazione ufficiale della città avvenne nell'anno 262 d.C., ma l'insediamento risale probabilmente all'epoca protostorica e romana. Da sempre S. Margherita Ligure è un borgo di pescatori e naviganti, dediti al commercio marittimo e famosi per l'artigianato del pizzo al tombolo e delle corderie.
Fino alla fine dell'Ottocento era di grande importanza la pesca del corallo, per la quale la cittadina vantava un vero e proprio primato già nel XVII secolo; alla base dello stemma cittadino compare ancora oggi un rametto di corallo rosso, per ricordare quest'attività ormai scomparsa, ma importantissima nella storia locale. La pesca resta comunque il settore prevalente dell'economia del borgo: ogni giorno alle ore 18.30 si può assistere all'arrivo della flotta di pescherecci di ritorno dal mare con il loro pescato, tra cui vanno senz'altro ricordati i famosi gamberoni. Di notevole importanza nel settore agricolo è la produzione di olio, vino, ortaggi e frutta.
Villia Durazzo (ingressi da P.za S. Giacomo, Via S. Francesco e Via della Vittoria) - Sorge sulla collina di S.
Giacomo, è una villa secentesca con un vastissimo parco di piante rare e secolari, aperto al pubblico tutti i giorni. La villa ospita il Museo G. Rossi, dedicato al romanziere e giornalista nativo di S. Margherita Ligure (attualmente chiuso al pubblico).
Castello Sul Mare (sopra Corso Marconi) - Dedicato a S. Giorgio, fu costruito nel 1550 per difendere la città e il golfo dalle incursioni dei pirati saraceni capitanati da Dragut. Era armato con 8 cannoni in ferro, poi rimossi e impiegati come bitte da ormeggio nel porto. Oggi alcuni si trovano nei giardini "Cristoforo Colombo" e davanti alla capitaneria di porto. Il castello ospita un Sacrario dei Caduti di tutte le guerre e sul tetto conserva un cannone in bronzo catturato agli Austro-Ungarici sul Piave nel 1917.
Basilica Di Ns. Della Rosa (P.za Caprera) - La chiesa attuale è del XVII secolo, costruita demolendo il vecchio tempio contenente l'antica cappella di NS. della Rosa, la cui immagine e culto risalgono al XIII secolo. La basilica conserva un'urna cineraria, testimonianza di culto pagano, risalente al II secolo dC. ed un'opera pittorica attribuita al Cambiaso, Il Cristo morto. La festa patronale si festeggia la quinta domenica di Pasqua con benedizione delle rose; esposizione delle reliquie il 20 luglio.
Oratorio Di S.Bernardo (P.za S. Bernardo) - del XV secolo.
Oratorio Di Ns. Del Suffragio (incrocio tra P.za Mazzini e Via Costasecca) - dedicato a S. Rocco.
Chiesa Di S. Giacomo Di Corte (a fianco di Villa Durazzo) - È posta su un poggio panoramico che domina il porto e il golfo. Risalente al 776, presenta un' architettura baroccheggiante adornata di marmi rari e mirabili affreschi; da notare un mirabile quadro del Maragliano sul tema dell'Addolorata ed un pregiato coro del 1600. Vi si venera la Madonna della Sacra Lettera.
Oratorio Di Ns. Del Dolori (Via Giunchetto) - del XIV secolo.
Oratorio Di S. Erasmo (ai piedi della scalinata verso S. Giacomo) - del XIV secolo. Contiene ex-voto di vascelli offerti dai naviganti di Corte e crocifissi processionali, tra cui il Cristo Nero.
Chiesa Del Cappuccini (dietro al castello) - Occupa la parte più soleggiata del parco di Villa Durazzo. La chiesa è del 1606, ma ospita una scultura in marmo del XIII secolo, la Madonna della Seggiola, caratterizzata da uno stile prettamente bizantino. Da vedere, nel periodo natalizio, il presepe con statuine scolpite a mano del 1600.
Chiesa Di S. Siro (P.za S. Siro) - Parrocchia del popoloso quartiere omonimo che sorge al limite del viale alberato del Municipio.
Chiesa Di S Lorenzo Della Costa (frazione sulla Via Aurelia) - Antica chiesa in stile romanico, già menzionata in atti del 1239. Conserva il Trittico di Sant'Andrea realizzato nel 1499 da un artista fiammingo ed una Sacra Famiglia attribuita al Cambiaso.
Chiesa Di Nozarego (sulla collina verso il monte di Portofino) - Dedicata alla Madonna del Carmine, fu eretta nel 1724 sul luogo di una chiesa paleocristiana risalente all'anno Mille. Al suo interno si possono ammirare opere di gran pregio, quali due statue del Maragliano ed quadro di Piaggio risalente al 1555 e raffigurante la SS. Vergine. Da notare il piazzale in acciottolato tricolore bianco, nero e rosso.
Abbazia Della Cervara (sulla strada per Portofino, tra S. Margherita e Paraggi) - Eretta sulla scogliera in mezzo al verde nel 1340 ca., ospitò S. Caterina da Siena, Petrarca e Francesco I re di Francia, che vi passò la notte del 25 febbraio 1525 dopo la sconfitta nella battaglia di Pavia. Del 500 è la grande torre quadrata eretta a difesa dai Turchi.